پس از به قدرت رسیدن عباسیان، همانطور که آن حضرت پیش بینی کرده بود فشار بر شیعیان افزایش یافت و با روی کار آمدن منصور این فشار به اوج خود رسید. امام نیز از این فشار ها مستثنی نبود. این دوران، یعنی چند سال آخر عمر آن حضرت بر خلاف دوران اولیه امامتشان،‌ دوره سختی ها و انزوای دوبارة آن حضرت و حرکت تشیع بود. منصور شیعیان را به شدت تحت کنترل قرار داده بود.



سرانجام کار به جایی رسید که با تمام فشارها، منصور چاره ای ندید که امام صادق را که رهبر شیعیان بود از میان بردارد و بنابراین توسط عواملش حضرت را به شهادت رساند. آن حضرت در سن 65 سالگی در سال 148 هجری به شهادت رسید و در قبرستان معروف بقیع در کنار مرقد پدر و جدّ خودش مدفون گردید .

در زمینه فضایل و مکارم اخلاقی حضرت صادق روایات و وقایع بسیار زیادی نقل شده است. آن حضرت با رفتار کریمانه و خلق و خوی الهی خود بسیاری از افراد را به راه صحیح هدایت فرمود، به گونه ای که پیروان دیگر مکاتب و ادیان نیز زبان به مدح آن حضرت گشوده اند.